県の水質検査で「大腸菌群数が800前後」で環境省の環境基準(河川)「A」に該当し「水浴」にも適用の農業用水はトマトの葉面散布に使えますか。

葉面散布が収穫の何日前なのかによってもリスクは変わってくるため一概にその農業用水を使って問題ないとは言い切れません。
葉面散布が収穫直前であればリスク評価において農産物取扱い工程の水の安全性に準ずる確認が必要と考えられます。この場合、大腸菌不検出となっているので、農業用水において大腸菌群ではなく大腸菌の検査を行い、それをもとにリスク評価を行うのがよろしいかと思います。