苗が植わってない時期の堆肥散布について、外部委託契約書は必要なのでしょうか。

外部委託かどうかは農産物の生産工程に直接かかわる作業かどうかで判断されます。
堆肥の散布は管理点でいえば肥料等の管理に該当し、生産工程に直接かかわる作業と判断されるため外部委託となります。従って外部委託の契約が必要となります。