トマトとかぼちゃを4~5mの農道を挟んだ場所で作付けしています。残留農薬検査はどのように行えばいいですか。

残留農薬検査はリスクが高いと考えられるものを最低年1回1検体することとなっています。
トマトの収穫期近くにかぼちゃの防除をしているのでしたらトマトの検査を行い、トマトで使った農薬とかぼちゃで使った農薬の両方を含む一斉分析を行うのがよろしいかと思います。

通常1成分のみの分析をするのではなく、一斉分析で300成分程度を分析し、使った農薬とドリフトの両方を確認される方が多いようです。

もちろん、最低1件体ということですので、両方心配だという場合は両方検査していただくほうがよろしいかと思います。あるいは初年度はトマト、次の年はかぼちゃと交代で検査するのもありかと思います。