JGAPではトマト、ミニトマトの区分は何で決めていますか。

トマトとミニトマトの区分は基本的に農薬登録の区分に準じます。
農薬登録では「トマト」、「ミニトマト」については、果実の直径3cmを境目として分類しており、直径が3cmより大きい種を「トマト」、直径が3cm以下の種を「ミニトマト」としています。
https://www.acis.famic.go.jp/docs/qa_shiyou.htm#q10

なお、管理点24.3.7農薬使用の記録において、①対象作物(農薬登録における適用作物名)となっております。