団体認証において団体事務局が肥料の選定、配布を行う場合にも農場に「肥料管理の責任者」は必要でしょうか。

「肥料管理の責任者」は、肥料等の選択・使用・保管の業務を統括することとなっており、農場が使用(散布)を行う場合には必要です。
肥料に関する業務の全てを事務局が行う場合には、事務局が肥料管理の責任者となり、農場に設置する必要は無くなります。