重油とLPGをそれぞれ燃料の納入業者が在庫量、施設、器具について責任を持ち、管理している場合、外部委託に該当するのでしょうか。

燃料については生産工程に直接かかわる作業ではないのでJGAPにおける外部委託には該当しません。

関連する管理点としては、18.1の機械設備の点検について外部業者が実施しているのであれば、その業者の点検記録が必要になります。
19.1のエネルギー使用量の把握については、業者が把握しているのであればその記録を取り寄せる必要があります。
但し、業者が管理といっても、例えば漏洩防止対策で防油堤の雨水を抜いた後に再度閉める等の工場側のオペレーションが必要なものは工場でルールを決めて管理する必要があります。