HACCP管理について、インプットのものはすべて品質保証書やSDSなど取得しておくべきでしょうか。

商品仕様で取り上げるインプットは、商品の原料(商品を構成するもの)や作物が吸収するものになります。
従って、種苗、農薬、肥料等、水、土壌、包装資材等は必須と考えられます。
インプットが食品安全の危害要因として考えられるのであればリスク評価する必要があるため品質保証書やSDSなどが必要になりますが、特に危害要因とはならないのでしたら品質保証書やSDSは不要です。