HACCP管理について、インプットである苗の不良(病原菌混入など)があった場合、農産物が収穫されるまでにその苗は除去されますが、そのような場合でも食品危害として「病原菌混入」としておくものでしょうか。

苗の病気は食品安全危害要因ではなく、品質や生育の問題となります。
したがって、管理点5.5や5.6の食品安全のリスク評価の対象とする必要はありません。