団体認証において、認証団体名や農場は変わらないまま、 事務局(の組織)を変更したい場合、どうすればいいですか。

認証後の変更に関することであるため、認証農場は総合規則8.7に基づき、変更を認証機関に申請する必要があります。総合規則8.7.5に基づき対応し、必要に応じて審査が行われます。
ご質問のような場合は、現地審査を必要とする可能性が高いと考えられます。