「JGAP」と表記されたマークを自分たちで作成しても良いでしょうか。

「JGAP」および「JGAPロゴマーク」は日本GAP協会が商標権を持つため、協会以外が独自のロゴマークを作ることは、商標法に抵触する恐れがあります。
協会としては、JGAPという文字を使用した新しいロゴマークを作成することは認めておりません。