残業かつ深夜の時間帯に支払う時間単価が明確に示すことができれば、通常の時間帯勤務時にその差額を手当として支給することは可能でしょうか。 また、基本給を昼間と夜間で異なる設定とすることはできますか?

※過去の技術レターについて対応する管理点をJGAP2022に変更し、内容も修正しました。

管理点と適合基準:JGAP2022 3.4(技術レター2017年10月号)

いずれも可能です。賃金の中身の構成が明確になっていることが重要です。昼の方が労働者を集めにくいのであれば、夜より基本給が高いという理屈は成立します。
但し、同一労働同一賃金の観点からの考察も必要となるので注意が必要です。